宗教法人の移転は登録上の住所だけ書き換えれば済むのではなく、移転先での宗教活動を所轄庁に認められなければなりません。その意味で、移転の手続きは設立に次ぐ難易度の高さと言えるでしょう（ただし地域によります）。なぜ難しい手続きになっているかというと、地方の跡継ぎがいなくなった宗教法人を取得して都会に移動、ビジネスに活用しようとする事業者がいるからです。このような不正な目的で宗教法人が活用されることを防ぐため、移転の前と後で宗教活動の実態が変わっていないことを厳密に確認されます。よって、移転を計画している法人は、誠実な宗教活動を行っている証拠を移転前に写真や会議の議事録などで残しておくことが重要です。